1、回扣
会扣分为两种：一种是其他货运单位转过来的货物要给他一个价差，叫约定;还有一种是发货方司机来发货的时候索取的好处。
第一种较为透明，第二种问题就多多了，因为其较为隐蔽的管理方式，客户托运单上不得填写回扣项，导致了其中很多的漏洞。
方式一
有的公司是直接叫发货人填一张领款单当拿回扣的凭证，发货人签字拿钱走后，工作人员将单子上的金额以改，10元改18元，17元改19元。这种主要发生在没有使用管理软件，或者有软件，但是没有相关严谨财务管理模块的公司。
方式二
有的公司一定金额以上的回扣需要主管签字，一来二回的，经常发货的人就和主管很熟了，然后猫腻来了，因为主管还有定价权，所以，吃顿饭就把事情定了，发货人吃发货方的钱，主管吃公司的钱。
方式三
有的公司多回扣单是要月结的，因为客户群体的庞大，经常会存在半年以上还没结的回扣单(很多是发货人也丢失了)。这里，就有公司财务以管理清晰为名，开具所有的回扣结算单，将所有回扣结算出来，等发货方来结，而没来结的就一直在他的私人口袋了。
某些物流软件企业回扣额达到营业额的三分之一，即100万的营业额其中有30多万的回扣。单票货物甚至回扣额达到实际运费的2倍多，即实际运费300元加上回扣后就变成了900元，而黑锅都是由物流软件公司来背。所以物流软件公司抱怨已经降价亏本运营，而生产企业却一直抱怨物流软件成本太高。
2、油费
油费是物流软件企业日常运作中很大的一块成本，据某公司统计，一辆5米6短驳车按一天拉货三趟(20KM范围内)算，平均下来一个月随便就要耗费3000多油费。可问题是真的要这么多吗?以5米6的箱车，其实1.1元/公里的平均油费是差不多的，算上车破路堵造成的浪费，1.3元/公里，够了吧。可3000元怎么跑出来的?公司给其中5辆车装上防偷油的GPS后，直接走了4个司机，油费降到了2000不到。
里面其实就是两种情况，一种是找小加油站少加多开，现在很多公司直接绑定油卡，这个情况不多了。二就是放油卖，熟练的人可以在一分钟内靠一根管子从油箱放出一桶油(10升装)，卖给贩油的，现在很多油贩提供上门抽油服务。
3.运费价格不统一
经常有公司被客户投诉，为什么他上次发货30，这次一样的货物25?他会不认为他占到便宜了，他会认为这个收费怎么这么乱的，由收货的人决定的?他说对了，目前大部分公司还真的是由收货人决定的，心情好点收低点，心情差点收高点，发货人态度好点，给根烟，称兄道弟的，好，便宜点。发货人态度差点，直接高价。给公司造成很大的负面影响。
4.单货不匹配
现有的管理模式，基本上是物流软件公司收货时，要么直接手工开托运单给客户，要么给客户开手写收货单，让客户凭单去办公室打电脑托运单。所以经常发生有单没货，有货没单的情况。而且等发现回查的时候，往往已经造成了损失了，经常货已经给环节里的某个人吃了，监控都查不出来，直接归类为丢货。
5.丢货、少货
有公司会把丢货少货统计出来，作为年终考评主管的依据，但是很少有公司回去分析丢货少货的原因。
◆ 收货时就少了，收货时员工不仔细，导致实际收的货物和开的单子有差，这个基本上可以通过回查监控来解决。
◆ 收货时没放对位置，装错车的，现在监控可以回查，现场主管负责。
◆ 到站时卸错站了，因为货物上没有明显标记，做的记号经常因为晚上卸货看不清楚，导致货物卸错站。这类经常可以通过沟通协调来解决，也有个别存在被卸货站个别员工甚至是老板给吞了的。
◆ 到站后经过多级中转导致货物莫名其妙就没了。经过多级中转的货物经常包装破损，标记不清等等，很多站点上堆了半年的货都有不少。
6.车队管理
车队管理里最大的漏洞就是日常维修上，很少有公司使用财务软件统计车辆日常费用情况，根本就不知道A车上次换左前轮轮毂是什么时候。所以有个说法就是车队队长巴不得公司买破车，天天坏好去修。
7.新老员工交替难
物流软件公司的员工流动性普遍很大，装卸货的来来去去也就罢了，收货的和电脑开单的人员流动就会造成很多工作失误，单开错啊，货收错等等。
从一定角度来说，造成这个问题最大的原因还是因为公司缺少标准化制度。例如收费标准。
8.由司机带清单和托运单
不少物流软件公司都是由司机带的清单和托运单，正常情况下都是没问题的，可是当有竞争出现的时候，风险是非常大的。害人之心不可有，防人之心不可无，一般情况下给司机200元，司机就会把清单复印出来给你，至多加到500元，竞争对手就拥有你的详细客户资料。
9.客户资料不完整
多年从业，见过太多开着胡小姐、李先生、王老板等等收货人的托运单，经常听到类似于因为这种情况造成的货物损失。原因在于客户资料的不完整，开单时只填一个名字，其他的什么都没有，因为这货到了卸货点，卸货点有办法通知客户的。客户资料都在卸货点。
所以在有损失时就会产生多方扯皮的现象。更大的损失在于公司换不了卸货点，因为所有的客户资料都在他那里，一换就造成巨大损失。而公司要发展，总有些卸货点的服务是跟不上的，那只能换。我就见过一个客户足足给了10万的分手费才换了个不理想的卸货点，该卸货点已经合作5年了。
10.信息化系统安全
现在的物流软件公司基本上都有在使用物流软件信息化管理软件，但是大部分公司都不会考虑安全性，只有在别人提到时才道听途说的胡乱保护。系统安全包括两部分，数据安全和数据保密。
数据安全：单机版是目前软件用户的最大群体，主机有被雷劈、有被水淹、有中毒、有突然坏的。因为缺少保障机制，往往造成不可估量的损失。所以，服务器一定要使用专业服务器，双硬盘备份，有条件的还可以加一个托管服务器来保障。
数据保密：现在大部分公司的软件都是没有秘密可言的，有被税务直接抱走主机的，有被操作人员直接导出客户资料的。
